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構造、機能解析のいろは(初心者向け)

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構造解析

Mac ユーザーのための構造解析

  • Macの隠しファイルを表示する方法
  • XQuartz(X11) (MacOS10.8以降、今までのX11がインストールされていない。かわりに、このXQuartzを使用する。MacOS10.10 Yosemiteにアップデートしたら、CCP4が動かなくなった。XQuartzを再インストールしたら、修復した(森談)。)
  • X code (必ずインストールする事)
  • Fink  (必ずインストールする事)
  • Scientific computing on OS X wiki (必見! ほとんどの構造解析プログラムのインストール方法が記述してあるので)
  • mi (スクリプト作成や、構造解析用のファイル修正に重宝するテキストエディター)
  • PDB File Editor (PDBファイルを編集するプログラム。便利)
  • MacPyMOL (これが無いと、困る)

MacOSXを便利に使用するためのツール集(Mac 啓蒙活動の一環)

ウェブブラウザ

  • FireFox (ライフサイエンス辞書共々、お世話になるウェブブラウザ)
  • Thunderbird (メーラーソフト。多数のセキュリティを備えている)
  • Xmarks (ブックマークの同期ソフト。自宅、外出先、どこでもブックマークを共有できるので重宝する。魅惑の一品)
  • MailTab for Gmail (デスクトップのメニューバーからGmailの受信チェックができるソフト)

ファイルの解凍

辞書

文献管理

  • iPaper (PubMedとリンクして文献検索ができる文献管理ソフト。無いと論文作成が大変)

バーチャルマシン

  • WineBottler (Sedfitなど、Windows用しかない解析ソフトの使用に。使い方はこちらを参照)
  • VirtualBox (MacOSX上でWindowsやLinuxを起動するバーチャルマシン。Windowsはインストールディスクが別途必要)

画像編集

  • ImageJ (画像編集ソフト。PAGEの写真の編集など使用方法は様々。非常に重宝する蠱惑の一品。使い方はこちら参照)
  • Seashore (GIMPベースのシンプルなレタッチソフト。初心者向け。使い方はこちらこちら参照)
  • GIMP (無料で使用できるレタッチソフトでは恐らく最強か?使い方はこちらこちら)
  • Inkspace (Illustratorの代替えソフト。日本語化は、ファイルメニューからinkscape -> inkscape preference -> interface -> ja を選択して再起動)

構造式の描画

  • SketchEI (化学構造式を描画できるソフトウェア。論文の構造式の図を作成するための蠱惑の一品)

動画再生

  • VLC media player (動画にはまずこれ。VLCで再生できない動画を探す方が難しい)
  • QuickTime (Appleの音楽、画像、動画再生ソフト)

PDF管理

  • Combine PDFs (バラバラな複数のPDFファイルを1つのPDFファイルにまとめるソフト。使い方はこちら)
  • PDF Converter Free (PDFファイルをパワーポイントフォーマットに変換するソフト)
  • Skim (pdfの論文を読むソフト)

ユーティリティ

  • Temperature Monitor (メニューバーに温度表示させるソフト。ハードな演算中のCPUの温度管理に重宝する)
  • StartupSound.prefPane (「ジャーン」起動音を制御するソフト。オフィスでも再起動が迷惑にならない優れもの)
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