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構造、機能解析のいろは(初心者向け)

• 分光光度計の基礎講座(日立ハイテクサイエンス社ホームページ)
• Protein Data Bank からの .pdbファイルのダウンロードの方法
• MacPyMOL (Mac用の.pdbファイルを開くプログラムのダウンロード)
• WinPyMOL (Windows用の.pdbファイルを開くプログラムのダウンロード)
• PyMolの基本操作
• タンパク質の結晶作成についての私見 (蛋白質科学界アーカイブ  初心者は必見！)
• タンパク質Ｘ線結晶構造解析 (SPring-8)
• 万見(YORODUMI)
• UCLA-DOE Institute(構造解析の一連の流れ)
• Biokids Wiki
• Windowsで行こう
• 相互作用解析の王道(GE ヘルスケア)
• プルダウンアッセイの原理(GE ヘルスケア)

学会

• 日本結晶学会
• 日本生物物理学会
• 日本蛋白質科学会
• 日本分子生物学会
• 日本生化学会
• International Union of Crystallography(IUCr)

文献検索

• PubMed
• ATGC論文Checker
• Google scholar
• メディカルオンライン
• CiNii Articles
• 電子ジャーナル・電子ブック(学内のみ)

構造式からの市販の化合物検索

• シグマ-アルドリッチ(SIGMA-ALDRICH)
• 和光純薬工業(Wako)
• 東京化成工業株式会社

cDNAクローン検索

• addgene (早ければ、10-14日くらいで届く。便利)
• addgene 住商ファーマインターナショナル株式会社経由
• GEヘルスケア (BLASTを使って目的のcDNAをサーチ後、購入)
• インビトロジェン(ヒト、マウス、ラット)
• GeneCopoeia.Inc.(コスモバイオ)
• ATCC
• DNAFORM
• かずさDNA研究所
• プロメガ
• 農業生物資源研究所 NIAS DNAバンク

遺伝子発現プロファイルデータベース(cDNAクローニングに利用)

• BioGPSの使い方
• BioGPS

遺伝子、配列解析関連

• ApE (DNA シーケンスエディター)
• Serial Cloner (DNA シーケンスエディター)
• Tm計算
• NCBI BLAST Protein
• NCBI BLAST DNA
• Scan Prosite
• Clustal Omega (シークエンスアライメント)
• Excelを使ったアライメントファイルのまとめ方(蛋白質研究所)
• ESPript (PDBの座標ファイルとCLUSTAL OMEGAの結果をもとにしたアライメントファイルの作成)
• ORF Finder (cDNA内部のオープンリーディングフレーム検索)
• 制限酵素ナビ
• Web cutter
• Oligonucleotide Properties Calculator
• In-Fusion Molar Ratio Calculator
• 分子生物学研究用ツール集
• PSIPRED (蛋白質の二次構造予測)
• SOSUI(蛋白質の二次構造予測)
• PlasMapper (プラスミド描画サイト)
• コドン使用頻度(大腸菌K12株)
• コドン使用頻度(昆虫細胞Spodoptera frugiperda)
• Rare Codon Search(DNAシーケンスを入れると、レアコドンをサーチしてくれるサイト)
• Optimizer(コドン最適化)

タンパク質発現、精製関連

• GEヘルスケアの、ゲルろ過カラムのメンテナンス(フィルター交換)
• 蛋白質科学会アーカイブ (必見。タンパク質の調整、精製、相互作用解析、構造解析の方法論)
• ExPASy
• ProtParam tool (モル吸光係数計算、分子量計算してくれる便利なサイト)
• pETベクター(旧Novagen, 現Merck)
• pGEXベクター(GE healthcare)
• BL21Star(DE3) (Invitrogen)
• BL21派生株 (Merck)
• ImageJによるCBB染色したSDS-Pageゲルの検量線の作成(アイメジャー株式会社HP)

マススペクトル

• PeptideMass
• MASCOT
• ProteinProspector

相互作用解析

• BIAcore (GE ヘルスケア)
• MicroCal iTC200マニュアル (GEヘルスケア)

超遠心分析

• ベックマン 分析用超遠心システム (必見)
• SEDFIT (速度法の超遠心分析解析プログラム。非常に使いやすい)
• SEDNTERP (超遠心分析の偏比容(density)、溶媒と密度と粘度(viscosity)、等電点(pI)、配列から分子量計算もしてくれる。便利。ダウンロードはこちら)
• SEDANAL

構造データベース

• Protein Data Bank (PDB)
• PDBj
• PDBsum
• PubChem
• CSD

結晶化

• HAMPTON RESEARCH
• QIAGEN  (Production Reports はこちら)
• SIGMA
• XtalPred-RF server (目的タンパク質の結晶性を予測してくれるサーバらしい。鵜呑みに信じずに、結晶化実験して判断する事。)

構造解析

• クライオプロテクタントデータベース (現在利用不可。再開が望まれる)
• HKL Research Inc.  (HKL2000GUI 回折ファイル処理プログラム)
• HKL2000の使い方(タンパク質研究所)
• Mosflmの使い方
• ADXV (収集した回折ファイルを見るプログラム)
• XDS (回折ファイルの処理プログラム)
• XDSi
• XDSwiki
• Matthews Probabilities (Vmの見積もり)
• CCP4 (これがないと、構造解析は始まらない)
• Anomalous scattering coefficients
• SnB/BnP
• SHELX-97 Home page
• HKL2MAP
• SHARP/autoSHARO 
• SOLVE/RESOLVE
• Phenix
• Lafire
• ARP/wARP (自動モデリングソフト)
• Uppsala Software Factory
• Crystallography & NMR System (CNS)
• DSSP (pdbファイルの座標からタンパク質の二次構造を解析するプログラム)
• PyMol上でのDSSPの使い方
• dssp2pdb (DSSPで解析した二次構造を、pdbファイルに出力するプログラム)
• MOLPROBITY
• coot (分子モデリングソフト)
• PyMOL (グラフックプログラム。論文作成に重宝する)
• PRODRG2 Server (低分子化合物のトポロジーファイル作成)
• Hic-Up Server (低分子化合物のトポロジーファイル作成)
• Dali Server (構造のアライメント)
• MATRAS (構造のアライメント)
• TopDraw (二次構造のトポロジー図を書くための、お絵描きソフト)

Mac ユーザーのための構造解析

• Macの隠しファイルを表示する方法
• XQuartz(X11) (MacOS10.8以降、今までのX11がインストールされていない。かわりに、このXQuartzを使用する。MacOS10.10 Yosemiteにアップデートしたら、CCP4が動かなくなった。XQuartzを再インストールしたら、修復した(森談)。)
• X code (必ずインストールする事)
• Fink  (必ずインストールする事)
• Scientific computing on OS X wiki (必見! ほとんどの構造解析プログラムのインストール方法が記述してあるので)
• mi (スクリプト作成や、構造解析用のファイル修正に重宝するテキストエディター)
• PDB File Editor (PDBファイルを編集するプログラム。便利)
• MacPyMOL (これが無いと、困る)

MacOSXを便利に使用するためのツール集(Mac 啓蒙活動の一環)

• 作業効率化のための、Macフリーソフトのリンク集。
• Google日本語入力 (MacOS 10.8において、PowerPoint 2011 のコピーペーストができない症状を改善するために、手軽に使用出来るIME)

ウェブブラウザ

• FireFox (ライフサイエンス辞書共々、お世話になるウェブブラウザ)
• Thunderbird (メーラーソフト。多数のセキュリティを備えている)
• Xmarks (ブックマークの同期ソフト。自宅、外出先、どこでもブックマークを共有できるので重宝する。魅惑の一品)
• MailTab for Gmail (デスクトップのメニューバーからGmailの受信チェックができるソフト)

ファイルの解凍

• Stuffit Expander (圧縮ファイルの解凍ソフト。無いと困る)

辞書

• MacOSX用ことえり用ライフサイエンス辞書 (ライフサイエンス辞書。マウスオーバー辞書共々、重宝する魅惑の一品)

文献管理

• iPaper (PubMedとリンクして文献検索ができる文献管理ソフト。無いと論文作成が大変)

バーチャルマシン

• WineBottler (Sedfitなど、Windows用しかない解析ソフトの使用に。使い方はこちらを参照)
• VirtualBox (MacOSX上でWindowsやLinuxを起動するバーチャルマシン。Windowsはインストールディスクが別途必要)

画像編集

• ImageJ (画像編集ソフト。PAGEの写真の編集など使用方法は様々。非常に重宝する蠱惑の一品。使い方はこちら参照)
• Seashore (GIMPベースのシンプルなレタッチソフト。初心者向け。使い方はこちらとこちら参照)
• GIMP (無料で使用できるレタッチソフトでは恐らく最強か？使い方はこちらとこちら)
• Inkspace (Illustratorの代替えソフト。日本語化は、ファイルメニューからinkscape -> inkscape preference -> interface -> ja　を選択して再起動)

構造式の描画

• SketchEI (化学構造式を描画できるソフトウェア。論文の構造式の図を作成するための蠱惑の一品)

動画再生

• VLC media player (動画にはまずこれ。VLCで再生できない動画を探す方が難しい)
• QuickTime (Appleの音楽、画像、動画再生ソフト)

PDF管理

• Combine PDFs (バラバラな複数のPDFファイルを1つのPDFファイルにまとめるソフト。使い方はこちら)
• PDF Converter Free (PDFファイルをパワーポイントフォーマットに変換するソフト)
• Skim (pdfの論文を読むソフト)

ユーティリティ

• Temperature Monitor (メニューバーに温度表示させるソフト。ハードな演算中のCPUの温度管理に重宝する)
• StartupSound.prefPane (「ジャーン」起動音を制御するソフト。オフィスでも再起動が迷惑にならない優れもの)