タンパク質ネットワーク解析チーム

タンパク質ネットワーク解析チームでは、各種タグで標識されたタンパク質の精製など、新規生化学的手法の開発や、それに関わる研究の技術指導を行っています。

メンバー

yanagawa チームリーダー：柳川由紀（E-mail: yyana at bs.naist.jp)

igawa ポスドク：井川智子（E-mail: tigawa at bs.naist.jp）

okanami 技術補佐員：岡南怜子（E-mail: okanami at bs.naist.jp）
＊電子メールアドレスは、"at"を"@"に変換してください。

プロジェクト

タンパク質ネットワーク解析チームでは、植物を材料としてタンパク質精製技術の改良及び応用例の提案を行っています。タンパク質やタンパク質複合体精製技術は元々大腸菌や動物などのために開発されたものが多く、その精製技術をそのまま植物で使用すると不都合が生じる場合があります。近年、各種タグを利用したタンパク質複合体精製が主流となってきていますが、植物での実際の成功例は少ないのが現状です。そこで、本チームでは、植物タンパク質で利用しやすいタグなどの紹介や具体的な応用例を提案することを目的として研究を進めています。また、植物タンパク質を用いた各種相互作用実験を行い、植物タンパク質複合体研究のモデル提示ができることを目指しています。特に、本チームでは、生体内の総タンパク質の１％以上を占めるユビキチン(Ub)・プロテアソームシステムに関与するタンパク質をモデルとして、植物のタンパク質複合体精製及び相互作用解析を進めています。具体的な研究内容は以下の通りです。

  1. 光形態形成の制御複合体(CDD複合体)の新規相互作用因子の探索と解析

    • Arabidopsisを材料としたタグ付きタンパク質複合体の精製
    • 大腸菌でのタンパク質発現・精製
    • ゲルろ過クロマトグラフィーによる複合体の解析
    • 免疫沈降によるタンパク質相互作用解析
    • yeast two-hybridによるタンパク質相互作用解析

  2. Arabidopsis及びユリを材料としたUb化タンパク質の網羅的解析

    • 抗体カラムを用いたタンパク質複合体の精製
    • 修飾タンパク質の精製及び解析

fig1 図１．植物を材料としたタンパク質複合体精製及びタンパク質同定の手順

発表論文リスト

  • Igawa T, Fujiwara M, Takahashi H, Sawasaki T, Endo Y, Seki M, Shinozaki K, Fukao Y, Yanagawa Y. Isolation and identification of ubiquitin-related proteins from Arabidopsis seedlings. (2009) J. Exp. Bot. in press.
    PubMed
  • Igawa T, Hoshino Y, Yanagawa Y. Isolation and characterization of plant glsA promoter from Alstroemeria. Plant Biol. in press.
  • Iwata Y, Yoneda M, Yanagawa Y, Koizumi N. 2009, Characteristic of the nuclear form of the Arabidopsis transcription factor AtbZIP60 during the endoplasmic reticulum stress response. (2009) Biosci. Biotechnol. Biochem. 73, 865-869.
    PubMed
  • I. Mitsuhara, T. Iwai, S. Seo, Y. Yanagawa, H. Kawahigashi, S. Hirose, Y. Ohkawa, Y. Ohashi, Characteristic expression of twelve rice PR1 family genes in response to pathogen infection, wounding, and defense-related signal compounds. (2008) Mol. Gen. Gen. 279 , 415-427.
    PubMed
  • S. Katou, K. Kuroda, S. Seo, Y. Yanagawa, T. Tsuge, M. Yamazaki, A. Miyao, H. Hirochika, Y. Ohashi, A calmodulin-binding mitogen-activated protein kinase phosphatase is induced by wounding and regulates the activities of stress-related mitogen-activated protein kinases in rice. (2007) Plant Cell Physiol. 48, 332-344
    PubMed
  • 柳川由紀, 植物の光形態形成を制御する新規なCDD複合体, ユビキチン結合酵素のエンハンサーを発見 (2006) 化学と生物, 44, 148-150 (総説)
  • Y. Yanagawa, S. Feng, X.W. Deng (2005) Light control of plant development: A role of the ubiqutin/proteasome-mediated proteolysis. Light Sensing in plants. M. Wada, K. Shimazaki, M. Iino (Eds.) Springer-Verlag Tokyo. 253-259. (review)
  • Y. Yanagawa, S. Kimura (2005) Cell cycle regulation through ubiquitin/proteasome-mediated proteolysis in plants. JARQ, 39, 1-4. (review)

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