タンパク質質量解析チーム

タンパク質質量解析チームでは、タンパク質プロファイルの比較・同定の為の、二次元電気ゲル電気泳動法、及び質量分析解析に関する新規手法の開発と、それらの技術を用いた研究の指導を行っています。

メンバー

fukao チームリーダー：深尾陽一朗（E-mail: fukao at bs.naist.jp）

fujiwara ポスドク：藤原正幸（E-mail: fujimasa at bs.naist.jp）

nagasaki ポスドク：長崎菜穂子（E-mail: shiuzura at bs.naist.jp）

yuka 技術補佐員：西森由佳（E-mail: nisimori at bs.naist.jp)
＊電子メールアドレスは、"at"を"@"に変換してください。

プロジェクト

  1. タンパク質質量分析における技術開発

    タンパク質質量解析チームでは、プロテオミクス全般の技術開発を行っています。質量分析による解析では、分析するサンプルがその成否を大きく左右するため、特に質量分析する前の前処理に力を入れています。

    • 脱塩操作を必要としない等電点電気泳動法の確立
    • SDSを含むサンプルの等電点電気泳動法の確立
    • 膜タンパク質の二次元電気泳動による分離法の確立
    • 蛍光試薬（IC3-Osu, IC5-Osu）を利用した二次元電気泳動による定量解析法の確立
    また質量分析計による解析では、以下の解析を行っています。
    • LTQ-Orbitrapを用いた比較解析～比較解析ソフトSEIVEを用いて～
    • 単離オルガネラのショットガン解析
    • ハイスループットな複合体タンパク質同定方法の確立
    • 比較ホスホプロテオミクス
    • 非モデル生物由来タンパク質の質量分析とその同定法の確立～解析ソフトPEAKSを用いて～

  2. 亜鉛恒常性維持機構における細胞内膜系の役割と機能解析

    亜鉛は高等植物における必須微量元素であるため、その量が多すぎても少なすぎても成育を阻害します。そのため植物は亜鉛を一定濃度に保つための恒常性維持機構を持っています。我々はこの恒常性維持機構に細胞内膜系がどのような役割を持つのかに興味を持って研究を進めています。

  3. ABC輸送体を中心としたオーキシン極性輸送の機能解析

    オーキシン極性輸送におけるABC輸送体の機能解析を、Dr. Markus Geisler（University of Zurich）との協同研究によって行っています。

発表論文リスト

  • Tomoko Igawa, Masayuki Fujiwara, Hirotaka Takahashi, Tatsuya Sawasaki, Yaeta Endo, Motoaki Seki, Kazuo Shinozaki, Yoichiro Fukao and Yuki Yanagawa (2009) Isolation and identification of ubiquitin-related proteins from Arabidopsis seedlings. J. Exp. Bot. in press.
    PubMed
  • Takahiro Hamada, Hisako Igarashi, Ryoichi Taguchi, Masayuki Fujiwara, Yoichiro Fukao, Teruo Shimmen, Etsuo Yokota and Seiji Sonobe. (2009) The Putative RNA-Processing Protein, THO2, is a Microtubule-Associated Protein in Tobacco. Plant Cell Physiol.50 (4), 801-811
    PubMed
  • Anzu Minami, Masayuki Fujiwara, Akari Furuto Yoichiro Fukao, Tetsuro Yamashita, Masaharu Kamo, Yukio Kawamura and Matsuo Uemura (2009) Alterations in Detergent-Resistant Plasma Membrane Microdomains in Arabidopsis thaliana During Cold Acclimation. Plant Cell Physiol., 50 (2), 341-359
    PubMed
  • Yuko Arai, Yoichiro Fukao, Makoto Hayashi, Mikio Nishimura (2008) Part V “Organelle Proteomics”, Chapter 29 Peroxisomes, Ganesh Kumar Agrawal and Randeep Rakwal, Plant Proteomics: Technologies, Strategies, and Applications, John Wiley&Sons, 377-389.
  • Takashi L. Shimada, Tomoo Shimada, Hideyuki Takahashi, Yoichiro Fukao and Ikuko Hara-Nishimura (2008) A novel role for oleosins in freezing tolerance of oilseeds in Arabidopsis thaliana. Plant J., 55 (5), 798-809
    PubMed
  • Atsushi J. Nagano, Yoichiro Fukao, Masayuki Fujiwara, Mikio Nishimura3 and Ikuko Hara-Nishimura (2008) Antagonistic Jacalin-Related Lectins Regulate the Size of ER Body-Type β-Glucosidase Complexes in Arabidopsis thaliana. Plant Cell Physiol., 49 (6), 969-980
    PubMed
  • Kenji Yamada, Yoichiro Fukao, Makoto Hayashi, M. Fukazawa, Iku Suzuki and Mikio Nishimura. (2007) Cytosolic HSP90 regulates the heat shock response that is responsible for heat acclimation in Arabidopsis thaliana. J. Biol. Chem., 282 (52), 37794-37804
    PubMed
  • Lixin Li, Tomoo Shimada, Hideyuki Takahashi, Haruko Ueda, Yoichiro Fukao, Maki Kondo, Mikio Nishimura and Ikuko Hara-Nishimura (2006) MAIGO2 is involved in exit of seed storage proteins from the endoplasmic reticulum in Arabidopsis thaliana. Plant Cell, 18 (12), 3535-3547
    PubMed
  • Diana Santelia, Vincent Vincenzetti, Elisa Azzarello, LucienBovet, Yoichiro Fukao, Petra Duchtig, Stefano Mancuso, Enrico Martinoia and Markus Geisler(2005) MDR-like ABC transporter AtPGP4 is involved in auxin-mediated lateral root and root hair development. FEBS Letter, 579 (24), 5399-5406
    PubMed

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