奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス科 膜分子複合機能学(塚崎研究室) 奈良先端科学技術大学院大学 奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス研究科 膜分子複合機能学

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教授 塚崎 智也 の研究業績 (Google Scholar で見る)

助教 田中 良樹 の研究業績

助教 市川 宗厳 の研究業績

修士論文一覧

博士論文一覧

シンポジウム・学会発表など

 

2013年度以降(塚崎研究室発足後)に発表した論文等

  1. Sasaki M, Nishikawa H, Suzuki S, Moser M, Huber M, Sawasato K, Matsubayashi H, Kumazaki K, Tsukazaki T, Kuruma Y, Nureki O, Ueda T and Nishiyama KI.  The bacterial protein YidC accelerates MPIase-dependent integration of membrane proteins.  J. Biol. Chem. in press

  2. Ichikawa M, Khalifa AAZ, Kubo S, Dai D, Basu K, Maghrebi MAF, Vargas J and Bui KH. Tubulin lattice in cilia is in a stressed form regulated by microtubule inner proteins. Proc Natl Acad Sci USA. 116, 19930-19938 (2019)

  3. Yang M, Chen YS, Ichikawa M, Calles-Garcia D, Basu K, Fakih R, Bui KH and Gehring K.  Cryo-electron microscopy structures of ArnA, a key enzyme for polymyxin resistance, revealed unexpected oligomerizations and domain movements.  J. Struct. Biol.  208, 43-50 (2019) 

  4. Tanaka Y and Tsukazaki TA snapshot of membrane protein insertion. EMBO Rep. 20, e49034 (2019)

  5. Tsukazaki T. Structural Basis of the Sec Translocon and YidC Revealed Through X-ray Crystallography. The Protein Journal 38, 249-261 (2019)

  6. Inoue M, Sakuta N, Watanabe A, Zhang Y, Yoshikaie K, Tanaka Y, Ushioda R, Kato Y, Takagi J, Tsukazaki T, Nagata K and *Inaba K. Structural Basis of Sarco/Endoplasmic Reticulum Ca2+-ATPase 2b Regulation via Transmembrane Helix Interplay. Cell Rep. 27, 1221–1230 (2019)

  7. Shahrizal M, Daimon Y, Tanaka Y, Hayashi Y, Nakayama S, Iwaki S, Narita S, Kamikubo H, *Akiyama Y, and *Tsukazaki T. Structural Basis for the Function of the β-Barrel Assembly-Enhancing Protease BepA.  J. Mol. Biol. 431, 625-635 (2019)

  8. Kusakizako T, Claxton DP, Tanaka Y, Maturana AD, Kuroda T, Ishitani R, Mchaourab HS and Nureki O. Structural Basis of H(+)-Dependent Conformational Change in a Bacterial MATE TransporterStructure 27, 293-301 (2019)

  9. Haruyama T, Sugano Y, Kodera N, Uchihashi T, Ando T, Tanaka Y, Konno H and *Tsukazaki T. Single-unit imaging of membrane protein-embedded nanodiscsStructure 27, 152-160 (2019)

  10. Tanaka Y,  Izumioka A, Abdul HA, Fujii A, Haruyama T, Furukawa A and *Tsukazaki T.  2.8-Å crystal structure of Escherichia coli YidC revealing all core regions, including flexible C2 loop. Biochem. Biophys. Res. Commun. 505, 141-145 (2018)

  11. *Tsukazaki T.  Structure-based working model of SecDF, a proton-driven bacterial protein translocation factor. FEMS Microbiology Letters 365, fny112 (2018)

  12. Furukawa A, Nakayama S, Yoshikaie K, Tanaka Y and *Tsukazaki TRemote Coupled Drastic β-Barrel to β-Sheet Transition of the Protein Translocation Motor. Structure 26, 485–489 (2018)

  13. Daimon Y, Iwama-Masui C, Tanaka Y, Shiota T, Suzuki T, Miyazaki R, Sakurada H, Lithgow T, Dohmae N, Mori H, *Tsukazaki T, *Narita S and *Akiyama Y. The TPR domain of BepA is required for productive interaction with substrate proteins and the β-barrel assembly machinery complex.  Mol. Microbiol. 106, 760-776 (2017). ダウンロード: Putative Bam-BepA model (.pdb)
  14. Tanaka Y, Iwaki S. and *Tsukazaki T.  Crystal Structure of a Plant Multidrug and Toxic Compound Extrusion Family Protein. Structure 25, 1455-1460 (2017).
  15. Sugano Y, Furukawa A, Nureki O, Tanaka Y and *Tsukazaki T. SecY-SecA fusion protein retains the ability to mediate protein transport.  PLOS ONE 12, e0183434 (2017)
  16. Furukawa A, Yoshikaie K, Mori T, Mori H, Morimoto VY, Sugano Y, Iwaki S, Minamino T, Sugita Y, Tanaka Y and *Tsukazaki TTunnel Formation Inferred from the I-Form Structures of the Proton-Driven Protein Secretion Motor SecDF Cell Rep. 19, 895-901 (2017).
  17. Taniguchi R, Inoue A, Sayama M, Uwamizu A, Yamashita K, Hirata K, Yoshida M, Tanaka Y, Kato HE, Nakada-Nakura Y, Otani Y, Nishizawa T, Doi T, Ohwada T, Ishitani R, Aoki J and Nureki O.  Structural insights into ligand recognition by the lysophosphatidic acid receptor LPA(6). Nature 548, 356-360 (2017) 
  18. Nishima W, Mizukami W, Tanaka Y, Ishitani R, Nureki O and Sugita Y.  Mechanismsfor Two-Step Proton Transfer Reactions in the Outward-Facing Form of MATE Transporter. Biophys J. 110, 1346-1354 (2016).
  19. Kusakizako T, Tanaka Y, Hipolito CJ, Kuroda T, Ishitani R, Suga H and *Nureki O. LCP crystallization and X-ray diffraction analysis of VcmN, a MATE transporter from Vibrio cholerae. Acta Crystallogr. F 72, 552-557 (2015)
  20. Tanaka Y, Sugano Y, Takemoto M, Mori T, Furukawa A, Kusakizako T, Kumazaki K, Kashima A, Ishitani R, Sugita Y, *Nureki O and *Tsukazaki TCrystal Structures of SecYEG in Lipidic Cubic Phase Elucidate a Precise Resting and a Peptide-Bound State Cell Rep. 13, 1561-1568 (2015).  [naister]
  21. Shimokawa-Chiba N, Kumazaki K, Tsukazaki T, Nureki O, Ito K and Chiba S. Hydrophilic microenvironment required for the channel-independent insertase function of YidC protein. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 112, 5063-5068 (2015).  [naistar]
  22. Kumazaki K, Chiba S, Takemoto M, Furukawa A, Nishiyama K, Sugano Y, Mori T, Dohmae N, Hirata K, Nakada-Nakura Y, Maturana AD, Tanaka Y, Mori H, Sugita Y, Arisaka F, Ito K, Ishitani R, *Tsukazaki T and *Nureki O. Structural basis of Sec-independent membrane protein insertion by YidC. Nature 509, 516-520 (2014).  [naistar]
  23. Kumazaki K, Kishimoto T, Furukawa A. Mori H, Tanaka Y, Dohmae N, Ishitani R, *Tsukazaki T and *Nureki O. Crystal structure of Escherichia coli YidC, a membrane protein chaperone and insertase. Sci. Rep. 4, 7299 (2014). [naistar]
  24. Kumazaki K, *Tsukazaki T, Nishizawa T, Tanaka Y, Kato HE, Nakada-Nakura Y, Hirata K, Mori Y, Suga H, Dohmae N, Ishitani R and *Nureki O. Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of YidC, a membrane-protein chaperone and insertase from Bacillus haloduransActa Crystallogr. F  70, 1056-1060 (2014).  [naistar]
  25. Mio K, Tsukazaki T, Mori H, Kawata M, Moriya T, Sasaki Y, Ishitani R, Ito K, *Nureki O and *Sato C. Conformational variation of the translocon enhancing chaperone SecDF
    J. Struct. FunctGenomics,15, 107-115 (2014).   [naistar]
  26. Tanaka Y, Hipolito CJ, Maturana AD, Ito K, Kuroda T, Higuchi T, Katoh T, Kato HE, Hattori M, Kumazaki K, Tsukazaki T, Ishitani R, *Suga H and *Nureki O. Structural basis for the drug extrusion mechanism by a MATE multidrug transporter. Nature 496, 247-251(2013).  [naistar]
  27. Doki S, Kato HE, Solcan N, Iwaki M, Koyama M, Hattori M, Iwase N, Tsukazaki T, Sugita Y, Kandori H, Newstead S, *Ishitani R and *Nureki O. Structural basis for dynamic mechanism of proton-coupled symport by the peptide transporter POT. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 110, 11343-11348 (2013).  [naistar]

 

2012年度以前のスタッフの代表論文

  1. 【SecDFの構造と機能解析】
    Tsukazaki T, Mori H, Echizen Y, Ishitani R, Fukai S, Tanaka T, Perederina A, Vassylyev DG, Kohno T, Maturana AD, *Ito K, and *Nureki O. Structure and function of a membrane component SecDF that enhances protein export. Nature 474, 235-238 (2011)
  2. 【SecYEの構造と機能解析】
    Tsukazaki T, Mori H, Fukai S, Ishitani R, Mori T, Dohmae N, Perederina A, Sugita Y, Vassylyev DG, *Ito K and *Nureki O. Conformational transition of Sec machinery inferred from bacterial SecYE structures. Nature 455, 988-991 (2008).
  3. 【マグネシウムトランスポータの構造解析】
    Hattori M, Tanaka Y, Fukai S, Ishitani R and *Nureki O. Crystal structure of the MgtE Mg2+ transporter. Nature, 448 1072-1075 (2007).
  4. 【SecA ATPaseの構造と機能解析】
    *Vassylyev DG, Mori H, Vassylyeva MN, Tsukazaki T, Kimura Y, Tahirov TH and Ito K. Crystal structure of the translocation ATPase SecA from Thermus thermophilus reveals a parallel, head-to-head dimer. J. Mol. Biol. 364, 248-258 (2006).
  5. 【SecYEの精製と機能解析】
    Mori, H., Tsukazaki, T., Masui, R., Kuramitsu, S., Yokoyama, S., Johnson, A.E., Kimura, Y., Akiyama, Y. and Ito, K., Fluorescence resonance energy transfer analysis of protein translocase. SecYE from Thermus thermophilus HB8 forms a constitutive oligomer in membranes. J. Biol. Chem. 278, 14257-14264 (2003).

 

修士論文一覧

  1. 2015.3 古川新 修士 「YidC・Sec膜タンパク質複合体によるタンパク質の膜組込み・膜透過機構の解明」
  2. 2015.3 菅野泰功 修士 「1ユニット再構成系を用いた蛋白質分泌過程の動的理解」
  3. 2016.3 藤井景 修士 「タンパク質の膜組込みに関わる膜タンパク質の基質認識機構解明に向けた構造解析」
  4. 2016.3 岡村英幸 修士 「ペプチドタグを利用した膜タンパク質安定性の蛍光による評価」
  5. 2017.3 櫻田洋人 修士 「外膜タンパク質形成分解に関わるプロテアーゼのTPRドメインの結晶構造基盤」
  6. 2017.3 谷口勝英 修士 「共生細菌由来MATE様多剤排出トランスポーターの結晶」
  7. 2017.3 岩木薫大 「植物MATEファミリーの基質認識機構および輸送機構の解明」
  8. 2017.9 Aisyah Binti Abdul Hamid 修士 「Crystal structure of Escherichia coli YidC at 2.8 A resolution」
  9. 2018.3 中山慎太郎  修士 「新生蛋白質輸送に関わるシャペロンの立体構造解析」
  10. 2018.3 藤本圭  修士 「細胞壁生合成経路に関わるフリッパーゼの構造機能解析」
  11. 2019.3 泉岡祥也  修士 「膜タンパク質の膜組み込みに関わるYidCの構造機能相関」
  12. 2019.3 河瀬拓斗  修士 「タンパク質膜透過駆動モーターSecDFとパートナーとの相互作用の探索」
  13. 2019.3 長谷英理菜  修士 「脂質Ⅱフリッパーゼに対する抗菌ペプチドの影響」
  14. 2019.3 中山嘉子  修士 「構造解析にむけたトランスロコン関連タンパク質の発現と精製」
  15. 2019.3 内野清香  修士 「硫黄イオントランスポーターの結晶構造解析」

 

博士論文一覧

  1. 2018.3 古川新 博士 「膜タンパク質YidCとSecDFの結晶構造から解明されたタンパク質輸送の原理」
  2. 2018.3 菅野泰功 博士 「タンパク質膜透過チャネルSecトランスロコンの静的動的構造基盤」

 

シンポジウム・学会発表など