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平成26年度ワークショップ

ImageJ+Rハンズオン実習2014


平成26年6月12日(木)奈良先端科学技術大学院大学 研修ホールにて平成26年度ワークショップ「ImageJ+Rハンズオン実習2014」を開催致します(主催:NAIST植物科学グローバルトップ教育推進プログラム) 。本ワークショップでは、受講者に各自ノートパソコンを持ち込んでいただき、画像解析、生物統計、ゲノム・トランスクリプトーム解析にすぐに役に立つ実践的な実習を行います。
皆様奮ってご参加下さい。

※本ワークショップにご参加頂く為には、事前登録が必要です(受付は終了しました)。



【重要なお知らせ】
※実習までに持込用ノートパソコンに、ImageJ、Rの各ソフトをインストールしておくようお願いします。お早めのご準備をお願い致します

<ImageJについて>
ImageJとそのプラグイン、解析用データをインストール・ダウンロードするための紹介ページ
※コンピューターのスペックは特に特殊なものは必要ありません

<Rについて>
対応可能なOS、及び、各ソフトウェアのバージョン:
Windows (64 bit、4GB以上)、R 3.1.0
Mac OS X(10.6以降、4GB以上)、R 3.1.0

(2014.5.15)
Rを用いたハンズオン実習受講者の皆様

以下の項目に関して、実習までに、当日持参するPCに準備をお願いいたします。
インストールの際、想定外のことが起こる可能性がありますので、お早めにご準備ください。

1)以下より実習用データをダウンロードしてください:
    ◆入江講師用
    ◆門田講師用

2)インストール手順書をダウンロードしてください
    ◆Windows用
    ◆Mac用

3)インストール手順書に書いてありますように、実習で用いるRのバージョンはR ver. 3.1.0およびBioconductor ver. 2.14です。

上記インストール手順はかなり時間がかかるものです。
その一方で実習に必要な最低限のパッケージはBiostringsとTCCのみですので、保証はできませんが以下のコピペでも大丈夫だと思われます。

---- ここから ---
source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("Biostrings", dependencies=TRUE)
biocLite("TCC", dependencies=TRUE)

--- ここまで ---

不明な点などございましたら、お気軽にお問合せください。

■ 参加登録

参加費無料
懇親会費 学生 1,500円
一般 3,000円
締切 受付は終了しました

■ お問い合わせ

その他ワークショップに関する
お問い合わせ

倉田哲也(tekurata@bs.naist.jp)

プログラム

6月12日(木)

8:30-9:00 受付
9:00-9:05 開会の挨拶及び植物グローバル紹介(倉田哲也)
9:05-12:00 朽名夏麿(東京大学)
「ImageJ によるバイオ画像解析の基礎と実践」
12:00-13:00 昼休み
13:00-14:30 入江直樹(東京大学)
「数式なしの統計入門と『R』を使った実際」
14:30-14:45 休憩
14:45-16:15 門田幸二(東京大学)
「(Rで)塩基配列解析の利用法:GC含量計算から発現変動解析まで(その1)」
16:15-16:25 休憩
16:25-18:00 門田幸二(東京大学)
「(Rで)塩基配列解析の利用法:GC含量計算から発現変動解析まで(その2)」
18:00-18:05 閉会の挨拶(稲田のりこ)
18:30-20:30 懇親会(ミレニアムホール)

主催

植物科学グローバルトップ教育推進プログラム

世話人

NAIST 倉田哲也、稲田のりこ、深尾陽一朗

開催日程

平成26年6月12日(木)

開催場所

NAIST  研修ホール

参加費

無料

懇親会参加費

学生:1,500円
一般:3,000円

参加登録

必ず登録フォームにて参加登録をお願い致します(受付は終了しました)。
〆切後、参加の可否と、参加者には事前準備について、ご登録のメールアドレスにお知らせをお送りします。

その他ワークショップに関するお問い合わせ

倉田哲也(tekurata@bs.naist.jp)