メンバー -Member-

清水　崇史

清水　崇史　（博士　農学）

 

職歴

平成29年～現在　　　：奈良先端科学技術大学院大学　バイオサイエンス研究科　助教　（峠隆之准教授）

平成29年～現在　　　：理化学研究所　環境資源科学研究センター　客員研究員　（瀬尾光範ユニットリーダー）

平成25年～平成29年　：理化学研究所　環境資源科学研究センター　特別研究員　（瀬尾光範ユニットリーダー）

平成24年～平成25年　：大阪市立大学大学院　理学研究科　特任助教　（飯野盛利教授）

平成23年～平成24年　：東京大学　生物生産工学研究センター　特任研究員　（山根久和教授）

 

学歴

平成20年～平成23年　：東京大学大学院　農学生命科学研究科　応用生命工学専攻　博士課程　（山根久和教授）

平成18年～平成20年　：東京大学大学院　農学生命科学研究科　応用生命工学専攻　修士課程　（山根久和教授）

平成16年～平成18年　：東京大学　農学部　生物生産科学課程

平成14年～平成16年　：東京大学理科２類

平成11年～平成14年　：西大和学園高等学校

 

受賞など

平成29年　：植物化学調節学会第52回大会　奨励賞

平成24年　：植物化学調節学会第47回大会　ポスター賞

 

論文 (Peer reviewed articles)

  1. Ishimaru Y., Oikawa T., Suzuki T., Takeishi S., Matsuura H., Takahashi K., Hamamoto S., Uozumi N., Shimizu T., Seo M., Ohta H., Ueda M. (2017) GTR1 is a jasmonic acid and jasmonoyl-L-isoleucine transporter in Arabidopsis thaliana. Biosci. Biotechnol. Biochem., 81(2):249-55.
  2. Kanno Y., Oikawa T., Chiba Y., Ishimaru Y., Shimizu T., Sano N., Koshiba T., Kamiya Y., Seo M. (2016) AtSWEET13 and AtSWEET14 regulate gibberellin-mediated physiological processes. Nat. commun., 7:13245.
  3. Mutuku JM, Yoshida S, Shimizu T, Ichihashi Y, Wakatake T, Takahashi A, Seo M, Shirasu K. (2015) The WRKY45-Dependent Signaling Pathway Is Required For Resistanceagainst Striga hermonthica Parasitism. Plant Physiol., 168(3):1152-63.
  4. Chiba Y., Shimizu T., Miyakawa S., Kanno Y., Koshiba T., Kamiya Y., Seo M. (2015) Identification of Arabidopsis thaliana NRT1/PTR FAMILY (NPF) proteins capable of transporting plant hormones. J Plant Res., 128(4):679-86.
  5. Shimizu T, Miyakawa S, Esaki T, Mizuno H, Masujima T, Koshiba T, Seo M. (2015) Live Single-Cell Plant Hormone Analysis by Video-Mass Spectrometry. Plant Cell Physiol., 56(7):1287-96.
  6. Chujo T., Miyamoto K., Ogawa S., Masuda Y., Shimizu T., Kishi-Kaboshi M., Takahashi A., Nishizawa Y., Minami E., Nojiri H., Yamane H., and Okada K. (2014) Overexpression of phosphomimic mutated OsWRKY53 leads to enhanced blast resistance in rice. PLoS One, 9:e98737.
  7. Ruduś I., Terai H., Shimizu T., Kojima H., Hattori K., Nishimori Y., Tsukagoshi H., Kamiya Y., Seo M., Nakamura K., Kępczyński J., and Ishiguro S. (2014) Wound-induced expression of DEFECTIVE IN ANTHER DEHISCENCE1 and DAD1-like lipase genes is mediated by both CORONATINE INSENSITIVE1-dependent and independent pathways in Arabidopsis thaliana. Plant Cell Rep., 33:849-860.
  8. Toyomasu T., Usui M., Sugawara C., Otomo K., Hirose Y., Miyao A., Hirochika H., Okada K., Shimizu T., Koga J., Hasegawa M., Chuba M., Kawana Y., Kuroda M., Minami E., Mitsuhashi W., and Yamane H. (2014) Reverse-genetic approach to verify physiological roles of rice phytoalexins: characterization of a knockdown mutant of OsCPS4 phytoalexin biosynthetic gene in rice. Physiol Plant, 150:55-62
  9. Yokotani N., Sato Y., Tanabe S., Chujo T., Shimizu T., Okada K., Yamane H., Shimono M., Sugano S., Takatsuji H., Kaku H., Minami E., and Nishizawa Y. (2013) WRKY76 is a rice transcriptional repressor playing opposite roles in blast disease resistance and cold stress tolerance. J Exp Bot., 64:5085-5097
  10. Shimizu T., Miyamoto K., Miyamoto K., Minami E., Nishizawa Y., Iino M., Nojiri H., Yamane Y., and Okada K. (2013) OsJAR1 mainly contributes to biosynthesis of the stress-induced jasmonoyl-isoleucine that is involved in defense responses in rice. Biosci. Biotechnol. Biochem., 77(7):1556-1564.
  11. Riemann M., Haga K., Shimizu T., Okada K., Ando S., Mochizuki S., Nishizawa Y., Yamanouchi U., Nick P., Yano M., Minami E., Takano M., Yamane H., and Iino M. (2013) Identification of rice ALLENE OXIDE CYCLASE mutants and the function of jasmonate for defence against Magnaporthe oryzae. Plant J, 74:226-238.
  12. Miyamoto K., Shimizu T., Mochizuki S., Nishizawa Y., Minami E., Nojiri H., Yamane H., and Okada K. (2013) Stress-induced expression of the transcription factor RERJ1 is tightly regulated in the response to jasmonic acid accumulation in rice. Protoplasma, 250:241-249.
  13. Chujo T., Miyamoto K., Shimogawa T., Shimizu T., Otake Y., Yokotani N., Nishizawa Y., Shibuya N., Nojiri H., Yamane H., Minami E., and Okada K. (2013) OsWRKY28, a PAMP-responsive transrepressor, negatively regulates innate immune responses in rice against rice blast fungus. Plant Mol Biol, 82:23-37.
  14. Shimizu T., Lin F., Hasegawa M., Nojiri H., Yamane H., and Okada K. (2012) The potential bioproduction of the pharmaceutical agent sakuranetin, a flavonoid phytoalexin in rice. Bioengineered, 3:352-357.
  15. Shimizu T., Lin F., Okada K., Hasegawa M., Nojiri H., and Yamane H. (2012) Purification and identification of naringenin 7-O-methyltransferase, a key enzyme in the biosynthesis of the flavonoid phytoalexin sakuranetin in rice. J Biol Chem, 287:19315-19325.
  16. Miyamoto K., Shimizu T., Lin F., Sainsbury F., Thuenemann E., Lomonossoff G., Nojiri H., Yamane H., and Okada K. (2012) Identification of an E-box motif responsible for the expression of jasmonic acid-induced chitinase gene OsChia4a in rice. J Plant Physiol, 169:621-627.
  17. Ando S., Sato Y., Shigemori H., Shimizu T., Okada K., Yamane H., Jikumaru Y., Kamiya Y., Yamada K., Akimoto-Tomiyama C., Tanabe S., Nishizawa Y., and Minami E. (2011) Identification and characterization of 2’-deoxyuridine from the supernatant of conidial suspension of rice blast fungus as an infection-promoting factor in rice plants. Mol Plant Microbe Interact, 24:519-532.
  18. Kato T., Tanabe S., Nishimura M., Ohtake Y., Nishizawa Y., Shimizu T., Jikumaru Y., Koga J., Okada K., Yamane H., and Minami E. (2009) Differential responses of rice to inoculation with wild-type and non-pathogenic mutants of Magnaporthe oryzae. Plant Mol Biol, 70:617-625.
  19. Shimizu T., Jikumaru Y., Okada A., Okada K., Koga J., Umemura K., Minami E., Shibuya N., Hasegawa M., Kodama O., Nojiri H., and Yamane H. (2008) Effect of a bile acid elicitor, cholic acid, on the biosynthesis of diterpenoid phytoalexins in suspension-cultured rice cells. Phytochemistry, 69:973-981.
  20. Okada A., Shimizu T., Okada K., Kuzuyama T., Koga J., Shibuya N., Nojiri H., and Yamane H. (2007) Elicitor induced activation of the methylerythritol phosphate pathway toward phytoalexins biosynthesis in rice. Plant Mol Biol, 65:177-187.

 

総説・その他（Review atricles and others）

  1. Miyamoto K., Shimizu T., and Okada K., (2014) Transcriptional regulation of the biosynthesis of phytoalexin: a lesson from specialized metabolites in rice. Plant Biotechnology, 31:377-388.
  2. 清水崇史, 瀬尾光範（2015）「一細胞からの植物ホルモン質量分析法」 化学と生物, 54(7):454-6.
  3. 清水崇史, 瀬尾光範（2014）「輸送体研究における新たなアプローチ」 植物の生長調節, 49: 74-80

 

特許（Patent）

  1. 「ナリンゲニン7-O-メチルトランスフェラーゼ活性を有するポリペプチド及びそれをコードする核酸」、2012年3月9日出願、2013年9月19日公開、出願番号：特願2012-053131、公開番号：特開2013-183712、発明者：山根久和、野尻秀明、岡田憲典、清水崇史、長谷川守文

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