平成25年度ワークショップ
やってみようよ！画像、統計、
ゲノム・トランスクリプトーム
解析ハンズオン実習
平成25年6月6日（木）奈良先端科学技術大学院大学 研修ホールにて平成25年度ワークショップ「やってみようよ！画像、統計、ゲノム・トランスクリプトーム解析ハンズオン実習」を開催致します(主催:NAIST植物科学グローバルトップ教育推進プログラム) 。本ワークショップでは、受講者に各自ノートパソコンを持ち込んでいただき、画像解析、生物統計、ゲノム・トランスクリプトーム解析にすぐに役に立つ実践的な実習を行います。
皆様奮ってご参加下さい。
※ワークショップ・懇親会参加希望の方は、必ず5月15日（水）までに事前参加登録をお願いします（参加登録は締め切りました）。
※本実習においては、参加前に持込用ノートパソコンに、ImageJ、Rの各ソフトをインストールしておくようお願いします。
対応可能なOS、及び、各ソフトウェアのバージョンは以下の通りです：
＜ImageJについて＞
ImageJとそのプラグイン、解析用データをインストール・ダウンロードするための紹介ページ
※コンピューターのスペックは特に特殊なものは必要ありません
＜Rについて＞
Windows (64 bit、4GB以上）、R 2.15.3
Mac OS X（10.6以降、4GB以上）、R 3.0.0
インストール参照HP (1)
インストール参照HP (2)（このサイトの6. の「登録されている拡張子は表示しない」のチェックを外すことを忘れないようにして下さい）
（2013.5.27更新）
＜重要＞
本実習では、R本体のインストール以外に、以下のサイトの情報をもとに、
１）パッケージのインストール
２）TCCのインストール
・インストールの手引き
・コピー先
３）実習データのdownload
・実習データ（門田幸二）
・実習データ（入江直樹）
を済ませて、必要な動作確認をテキストに従って、”必ず” 行っておいて下さい。
＜注意＞ 直前ではなく、早めに確認をお願いします（前日、当日になると対応が難しくなります）。
（2013.5.31更新）
＜重要＞
１）パッケージのインストールは数時間かかります。
２）TCCのインストールですが、圧縮ファイルを解凍せずに、行うようにして下さい。解凍するとエラーが出ます。
３）インターネットブラウザーで、表示がうまくいかない場合、他のブラウザーもお試し下さい。
(Safariでだめなら、Firefoxなど）
（2013.6.3更新）
＜重要＞
ネットワークの問題でパッケージインストールが出来ない方は、
------ ここから ------
install.packages(available.packages()[,1]) #CRAN中にある全てのパッケージをインストール
source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R") #おまじない
biocLite(all_group()) #Bioconductor中にある全てのパッケージをインストール
------ ここまで ------
の代わりに、
コンピュータがスリープ状態にならないようにしてから、以下をコピペして下さい。
------ ここから ------
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("Biostrings", dependencies=TRUE)
biocLite("ShortRead", dependencies=TRUE)
biocLite("edgeR", dependencies=TRUE)
biocLite("DESeq", dependencies=TRUE)
biocLite("baySeq", dependencies=TRUE)
biocLite("ROC", dependencies=TRUE)
biocLite("limma", dependencies=TRUE)
------ ここまで ------
bs.naist.jp)
